Projetada em concreto e estrutura metálica, a Estação Grajaú – situada na Rua Giovanni Bononcini, 77 – finaliza a viagem na Linha 9–Esmeralda, sentido zona sul. Junto à unidade há o terminal de ônibus da São Paulo Transportes (SPTrans), que atende aos passageiros da CPTM, por meio de integração. Os usuários têm também a opção de utilizar bicicleta, já que a estação dispõe de bicicletário gratuito, inicialmente com 180 vagas.
Sobre o terminal está o mezanino. Na área de cerca de 2 mil metros quadrados ficam as bilheterias blindadas, bloqueios, salas administrativas, área comercial, banheiros e refeitório para funcionários. Embaixo, no nível da plataforma, estão as salas de equipamentos técnicos. O acesso à plataforma central de 170 metrosse dá por escadas fixa, rolante e elevador para pessoas com mobilidade reduzida.
