O Trem de Guarulhos terá ligação com a Linha 3-Vermelha do Metrô, na futura Estação Ticoatira, na zona leste, que será construída. Estão previstas cinco estações em funcionamento nesse ramal, que será denominado Linha 13-Ônix. As obras estão orçadas em R$ 300 milhões, com previsão de conclusão até 2014. Apesar de o Expresso Aeroporto e do Trem de Guarulhos compartilharem a mesma via, o acesso a ambos os serviços serão segregados, com tarifas diferenciadas. A linha de Guarulhos custará R$ 2,55.
O Trem de Guarulhos requer a construção de duas novas estações. A Estação Cecap Zezinho Magalhães, em Guarulhos, que servirá exclusivamente para este serviço, e a Estação Ticoatira, na zona leste da capital, onde será realizada a integração com a Linha 3-Vermelha do Metrô. A Linha 13-Ônix terá também pontos de embarque e desembarque nas estações do Tatuapé e Engenheiro Goulart da CPTM. A Licença Prévia Ambiental foi aprovada pelo Conselho Estadual do Meio Ambiente em 14 de abril.
