Fapesp: Sistema desenvolvido pela Embrapa ajuda a compreender as funções das proteínas

Novo conjunto de ferramentas, chamado de Gold Sting Suite faz uma análise tridimensional das proteínas

sex, 01/10/2004 - 18h25 | Do Portal do Governo

Desvendar a complexa estrutura das proteínas é uma tarefa essencial tanto no estudo dos processos biológicos quanto na indústria farmacêutica e, de forma mais específica, na análise dos resultados pós-seqüenciamento de DNA de qualquer genoma. Para conhecer e interpretar melhor a complexidade dessas moléculas, muitos dos pesquisadores da área já estão usando um conjunto de softwares desenvolvido pelo Núcleo de Bioinformática Estrutural (NBI) da Embrapa Informática Agropecuária, de Campinas, uma das unidades da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária.

O novo conjunto de ferramentas, chamado de Gold Sting Suite ( sequence to and within graphics ou seqüência dentro de gráficos-GSS), faz uma análise tridimensional das proteínas que ajuda os pesquisadores a compreender todo o engenhoso funcionamento molecular, incluindo aspectos como a formação de substâncias candidatas aos principais componentes na preparação de novos fármacos e defensivos agrícolas.

‘O produto está disponível no Protein Data Bank (PDB), ou Banco de Dados de Proteínas, no San Diego Supercomputer Center (SDSC), o maior banco de dados de estruturas de proteínas do mundo, na Universidade de San Diego, e na Universidade de Columbia, ambas nos Estados Unidos.

Ele está disponível também em laboratórios públicos na Europa, Ásia e América Latina, assim como nos da Embrapa em Campinas e em Brasília’, diz o pesquisador Goran Neshich, líder do NBI. A reunião de todas as informações conhecidas sobre as estruturas das proteínas e o nível de detalhamento em um mesmo aplicativo favoreceram a aceitação mundial do Gold Sting.

O conjunto de programas surgiu da necessidade de integrar as ferramentas de análise dessas estruturas que, antes, exigiam a utilização de vários softwares para as análises moleculares. Totalmente baseado em estudos biológicos disponíveis em bancos de dados públicos, o sistema da Embrapa é diferente dos demais direcionados a esse tipo de pesquisa por possibilitar a coleta detalhada de informações sobre a seqüência e a estrutura das proteínas, a natureza dos contatos atômicos entre os aminoácidos, além de informações sobrecavidades e superfícies da proteína e suas ligações. De acordo com Goran, são realizados por dia, pela Internet, entre 2 mil e 5 mil acessos ao aplicativo.

Samuel Antenor – Agência Fapesp

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