Do Portal da Unesp
O desafio aparentemente impossível de criar um supercomputador, avaliado em US$ 1,4 milhão, com apenas R$ 60 mil foi vencido por um quartanista do curso de Matemática do Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (Ibilce) da UNESP, campus de São José do Rio Preto. A façanha foi do estagiário do Departamento de Física João Câmera Junior, de 23 anos, que trabalha com um grupo de pesquisadores envolvidos na descoberta de estruturas tridimensionais de proteínas associadas ao estudo e produção de medicamentos no combate a doenças como o câncer, a tuberculose e a malária.
Nesta área de conhecimento, para processar muitos cálculos e modelos matemáticos, são necessários supercomputadores. A UNESP chegou inclusive a adquirir um da IBM, há seis anos, com o auxílio da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp), por US$ 1,4 milhão, equivalente, em fevereiro último, a mais de R$ 5 milhões.
Com o aumento de demanda de trabalho nesta linha de pesquisa, houve a necessidade da compra de outro supercomputador. Nesse momento, entrou em ação o talento de Câmera Junior. Por intermédio de José Machado, docente do Ibilce, ele realizou um treinamento no Centro Técnico Aeroespacial, em São José dos Campos, no final de 2001. Foi lá que acompanhou, pela primeira vez, a montagem de um supercomputador.
Ao voltar ao Ibilce, a partir da tecnologia Cluster Beowulf, Câmera Junior montou, em três semanas, um supercomputador que unifica 16 PCs de alta velocidade, com 40 gigabytes de disco cada, totalizando quase um terabyte de disco disponível – 1 trilhão de bytes. Com maior capacidade de memória e um processador 120 vezes mais rápido que o outro computador, a supermáquina foi batizada como Pandora.
O nome alude à célebre caixa da mitologia grega, que, em seu interior, tinha todos os males do mundo, mas também dois olhos verdes da esperança. ‘Pode-se tirar de um supercomputador coisas boas ou ruins. Nós vamos extrair apenas o que há de melhor nele’, afirma Câmera Junior. ‘Além de ser mais barato que o computador da IBM, o Pandora tem excelente capacidade de tráfego de dados e, em um ano de funcionamento, nunca travou.’
Câmera ganhou o seu primeiro computador do pai, quando tinha oito anos de idade. No mesmo ano, criou um software comercial para um vizinho cabeleireiro. Atualmente, o estagiário está montando dois outros supercomputadores no laboratório do Ibilce. ‘Eles poderão ser acessados remotamente por outros grupos de pesquisa da UNESP e de outras universidades que necessitam da bioinformática’, explica.
Após a divulgação da criação do supercomputador a baixo custo, o estudante vem sendo muito requisitado pela iniciativa. Para o próximo ano, por exemplo, já está prevista uma viagem à China para mostrar como se desenvolve um supercomputador com R$ 60 mil. ‘Tenho uma certa facilidade para computadores, mas também tive que ler muito para conquistar o que conquistei.’
Desenho de medicamentos
Para entender melhor a importância da criação do supercomputador Pandora, é preciso saber também que, com a finalização do Projeto Genoma, financiado pela Fapesp, descobrir as funções das proteínas identificadas no genoma, o chamado projeto Proteoma, passou a ser a prioridade. Com base no conhecimento das estruturas de proteínas codificadas no genoma humano ou de parasitas, os pesquisadores serão capazes de desenvolver drogas que combatem determinadas doenças.
Todas essas etapas necessitam de uso intensivo de computação de alto desempenho, como o Pandora. Entre algumas maneiras para se obter o modelo tridimensional de macromoléculas biológicas, está a simulação via bioinformática, por meio de cálculos matemáticos. Para se chegar à forma real de cada proteína, são utilizados milhares de modelos. Isto demanda um sistema computacional que garanta uma grande confiabilidade no modelo tridimensional da proteína.
V.C.
